APOBEC偶聯甲基化測序（ACE-Seq）
項目介紹
隨著羥甲基化修飾在疾病發展中的調控作用以及在基因組 DNA 中的定量定位等信息逐漸被重視，多種DNA 羥甲基化修飾檢測方法也相繼問世。基於亞硫酸氫鹽的方法如 OxBS-seq、TAB-seq，能夠在單堿基分辨率上檢測 5hmC，為科學和疾病研究提供了較全麵和精確的定量信息，但 OxBS-seq 還需同時構建 BS-seq文庫，這種聯合測序方式雖能實現對 5hmC 單堿基分辨率，但該方法除了極大的樣本需求量之外，因其所得的羥甲基化位點並非直接檢測所得，而是生物信息計算的結果，對實驗操作人員以及數據分析人員的專業素質要求極高，否則極容易出現偏差，導致數據結果可信度降低。
技術支持
電 話：
021-57072057
021-57072096
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E-mail:
genome@sangon.com
genome2@sangon.com
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相比之下，使用糖基化修飾和 A3A 結合的轉化測序方法（ACE-seq），能夠在單堿基精確度的基礎上，有效保證 DNA 的完整性。
該技術是一種全新的鑒定 5hmC 的方法。DNA 脫氨酶 APOBEC3A（A3A）能夠特異地脫去 C 及 5mC 的氨基使其變為 U，而 5hmC 則因為不被該酶識別，測序時仍被識別為 C。該技術利用該酶的這種特性，特異性地檢測基因組上發生的 5hmC 修飾。
主要流程
訂購信息
測序數據量：建議物種基因組的30X
測序平台：illumina
周期：30個自然日
測序平台：illumina
周期：30個自然日
對物種有以下要求：
a. 物種為真核生物；
b. 物種具有參考基因組，至少拚接到scaffold水平；
c. 具有較為完整的注釋。
a. 物種為真核生物；
b. 物種具有參考基因組，至少拚接到scaffold水平；
c. 具有較為完整的注釋。
樣品需求
1、細胞：5×10
6以上，收集細胞，PBS 洗兩次，離心後盡量去除 PBS，保留細胞沉澱，封口膜封好，幹冰運輸。
2、組織：100 mg以上，樣品置於1.5 ml EP 管中，封口膜封好，-20℃以下保存，幹冰運輸。
3、gDNA：500 μg以上，濃度大於30 ng/μl（以Qubit定量結果為準），OD 260/280=1.8-2.0。
2、組織：100 mg以上，樣品置於1.5 ml EP 管中，封口膜封好，-20℃以下保存，幹冰運輸。
3、gDNA：500 μg以上，濃度大於30 ng/μl（以Qubit定量結果為準），OD 260/280=1.8-2.0。
交付
測序原始數據
實驗結果類文件
分析報告及分析結果文件
實驗結果類文件
分析報告及分析結果文件
分析結果示例
樣品需求
分析內容
1) 單樣本不同類型甲基化 C 位點的統計餅圖
不同顏色表示不同的甲基化 C 位點類型，餅麵積表示該類型所占百分比。
2) 單條染色體上甲基化C密度分布圖
橫軸表示某條染色體，從左往右為染色體起點到終點。左邊縱軸表示10 kb為窗口計算得到的 mC 密度，以藍點表示 mC 密度在染色體上的分布情況，右邊縱軸表示標準化的 mC 比例，光滑 曲線則表示不同類型甲基化 C 堿基（CG、CHG和CHH)的密度分布。
3) DMR 統計柱狀圖
橫軸為不同的比較組，縱軸為不同類型的 DMR 數目。
4) 顯著富集功能散點圖
縱軸表示功能注釋信息，橫軸表示功能對應的 Rich factor，Qvalue 的大小用點的顏色來表示，Qvalue 越小則顏色越接近紅色，每個功能下包含的 DMR 關聯基因的多少用點的大小來表示。
