DNA 羥甲基化修飾作為表觀遺傳學的重要組成，是在 DNA 甲基化改變的基礎上，在胞嘧啶第五位碳原子的甲基基團上增加一個羥基生成 5-羥甲基胞嘧啶而完成 DNA 的去甲基化過程。2009 年，Rao 和 Heintz 及其同事分別報道了 5hmC 修飾水平在不同類型的細胞和組織中存在顯著差異，其中在人、小鼠大腦及胚胎幹細胞中表達豐富，它可能通過影響

染色質結構和局部轉錄活性而參與基因調控。5hmC 在肺癌、腦癌、肝癌、腎癌、皮膚癌、前列腺癌、乳腺癌和結腸癌等多種癌症中的含量均有顯著降低，表明 5hmC 在癌症發展中發揮重要作用。此外，骨髓增生異常綜合征、亨廷頓病和阿爾茨海默病中也發現異常的 5hmC 分布。因此，5hmC 不僅是去甲基化過程的關鍵中間體，也是疾病診斷、治療和預後的重要生物標誌物。5hmC 的超靈敏檢測能夠為理解疾病發展的表觀遺傳規律和疾病早期診斷提 供有力支持。 目前已有的基於亞硫酸氫鹽的方法如 TAB-seq 以及 oxBS-seq 能夠在單堿基分辨率上檢測 5hmC，提供了較全麵和精確的定量信息。然而，由於對測序覆蓋率要求高，使得這些檢測方法價格昂貴。並且氧化和亞硫酸氫鹽處理也會導致基因組 DNA 的大量降解，限製了它們在有限樣品下的研究實用性。相比之下，基於富集的分析方法測序成本較低，可以應用於 5hmC 的研究。然而，基於抗體的富集法需要輸入微克水平的基因組 DNA 並且可能還會導致序列偏差。此外，它還不能用於分析臨床樣本，因為臨床樣本中目標細胞或輸入的 DNA 數量都很少，難以滿足方法要求。GLIB 沉澱法同樣也存在著起始樣品輸入量大的問題。 生工提供的 DNA 羥甲基化測序服務是基於點擊化學反應的捕獲法，該方法起始樣本量要求低，成本低、用時短並可減少了大量不必要的冗餘基因，極大地提高了特定目標區域的研究效率。

備注

1、電子版送樣信息表可從下載專區獲得

2、填寫好的表格需發送至項目助理郵箱：dna_sample@sangon.com

1、細胞：5×10⁶以上，收集細胞，PBS 洗兩次，離心後盡量去除 PBS，保留細胞沉澱，封口膜封好，幹冰運輸。

2、組織：100 mg以上，樣品置於1.5 ml EP 管中，封口膜封好，-20℃以下保存，幹冰運輸。

3、gDNA：1 μg以上，樣品置於1.5 ml EP 管中，封口膜封好，幹冰或者冰袋運輸，避免反複凍融。

1.測序原始數據

2.實驗結果類文件

3.分析報告及分析結果文件

2.羥甲基化富集峰注釋

圖2. 5hMC 峰在基因元件上的分布餅圖

（不同的顏色代表不同的基因元件，餅麵積表示落在該基因元件上 5hMC 峰所占百分比）

圖3. DhMRs 火山圖

圖4. DhMRs 基因組分布圈圖

4.差異羥甲基化區域功能注釋及富集分析

圖5. 關聯基因 GO 注釋分類柱狀圖

（橫軸為功能分類，縱軸為該分類內基因個數(右)及其占被注釋上基因總數的百分比。不同顏色代表不同的分類。 柱狀圖和坐標軸上深色代表關聯基因，淺色代表所有基因）

圖6. 顯著富集功能散點圖

（縱軸表示功能注釋信息，橫軸表示功能對應的 Rich factor ，Qvalue 的大小用點的顏色來表示，Qvalue 越小 則顏色越接近紅色，每個功能下包含的關聯基因的多少用點的大小來表示。）