CHIP-SEQ 技術，即染色質免疫共沉澱與高通量測序相結合的技術。它是研究體內蛋白質與DNA 相互作用的有力工具，還可以用來研究轉錄因子與基因表達的關係。通過高通量測序，可以一次性得到目的蛋白在整個基因組上的結合分布，得到目的蛋白精確的結合位點以及結合基序等信息。ChIP-Seq 的原理：首先通過染色質免疫共沉澱技術(ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA 片段，並對其進行純化與文庫構建；然後對富集得到的DNA 片段進行高通量測序，將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組範圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA 區段信息。

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