16S/ddPCR/qPCR聯合測序分析項目
| 分析項目 | 詳細分析內容 | 說明 |
|---|---|---|
| 1. 數據處理與統計 | 1) 數據預處理 | |
| 2) 去除嵌合體及非特異性擴增序列 | ||
| 2. OTU聚類分析 | 1) 操作分類單元 (OTU) 聚類 | 韋恩圖需要樣本數或組數大於1小於6，聚類樹需要樣本數大於1 |
| 2) OTU分布韋恩圖 | ||
| 3) OTU數目與聚類similarity值關係圖 | ||
| 4) 基於OTU豐度的樣本聚類圖 | ||
| 3. Alpha多樣性分析 | 1) 多樣性指數分析 | 物種累計曲線需要樣本數大於10 |
| 2) 稀疏性曲線 | ||
| 3) Rank-abundance曲線 | ||
| 4) Specaccum物種累積曲線 | ||
| 4. 物種分類分析 | 1) 物種分類學 | 熱圖、聚類圖需要樣本數大於1 |
| 2) 群落結構組分圖 | ||
| 3) 單樣品多級物種組成圖 | ||
| 4) 分類和係統發育信息可視化 | ||
| 5) 物種豐度熱圖 | ||
| 6) 物種豐度3D柱狀圖 | ||
| 7) 基於物種豐度樣本聚類樹圖 | ||
| 8) 樣品聚類樹與柱狀圖組合分析 | ||
| 9) 群落分類學係統樹狀圖 | ||
| 5. 多維度分析 | 1) PCA分析 | PCA/NMDS分析需要樣本數大於4，環境因子相關分析需要提供環境因子 |
| 2) NMDS非度量多維尺度分析 | ||
| 3) OTU、物種與環境因子相關性分析 | ||
| 4) RDA/CCA分析 | ||
| 6. 物種分類樹分析 | 1) 係統發生進化樹 | |
| 7. Beta多樣性分析 | 1) UniFrac分析 | 該分析需要樣本數大於1，其中PCoA分析需要樣本數大於4，箱型圖需要分組信息 |
| 2) 基於UniFrac的多樣品相似度樹分析 | ||
| 3) 基於UniFrac的heatmap圖 | ||
| 4) 基於UniFrac的PCoA分析 | ||
| 5) UniFrac距離箱式圖 | ||
| 8. 菌群差異分析 | 1) 樣本間菌群豐度差異分析 | 該分析需要樣本數大於1，其中Ternary Plot分析需要樣本數大於2，Anosim分析和LEfSe分析需要分組信息 |
| 2) Ternary Plot圖 | ||
| 3) LEfSe分析 | ||
| 4) Anosim分析 | ||
| 9. 功能預測分析 | 1) PICRUSt功能分析 | 該分析僅適用於16S 項目，其中聚類熱圖差異等分析需要樣本數大於2，PCA、NMDS、功能累計曲線分析需要樣本數大於4 |
| 2) 功能組分圖 | ||
| 3) 基於功能豐度的樣本聚類圖 | ||
| 4) 功能豐度熱圖 | ||
| 5) 樣品聚類樹與功能柱狀圖組合分析 | ||
| 6) 基於功能的PCA分析 | ||
| 7) 基於功能的NMDS分析 | ||
| 8) 功能累計曲線圖 | ||
| 9) 功能豐度差異分析 |