lncRNA-Seq分析項目
| 分析項目 | 詳細分析內容 | 說明 |
|---|---|---|
| 1. 數據評估及質控 | 1) 原始數據質量評估 | |
| 2) 數據質控 | ||
| 2. RNA-seq測序評估 | 1) 參考序列比對分析 | |
| 2) 冗餘序列分析 | ||
| 3) 插入片段分布 | ||
| 4) 均一性分布檢查 | ||
| 5) 基因覆蓋率統計 | ||
| 6) 基因組結構分布 | ||
| 7) 染色體上測序序列分布圖 | ||
| 3. 基因結構分析 | 1) SNP分析 | 融合基因分析需要樣本屬性為人或小鼠 |
| 2) 可變剪切分析 | ||
| 3) 融合基因檢測 | ||
| 4) 轉錄本組裝 | ||
| 5) 新轉錄本預測 | ||
| 4. lncRNA分析 | 1) lncRNA篩選 | |
| 2) lncRNA分類統計 | ||
| 3) lncRNA特征分析 | ||
| 4) lncRNA序列保守性分析 | ||
| 5) lncRNA家族分析 | ||
| 6) miRNA前體預測 | ||
| 5. 表達水平分析 | 1) 表達量統計 | PCA、PCoA、NMDS分析需要樣本數大於4個，Anosim分析需要分組信息，且分組樣本大於2個 |
| 2) 測序飽和度分析 | ||
| 3) 重複相關性檢查 | ||
| 4) 共表達韋恩圖 | ||
| 5) 共表達網絡分析 | ||
| 6) PCA主成分分析 | ||
| 7) PCoA主坐標分析 | ||
| 8) NMDS非度量多維尺度分析 | ||
| 9) 層次聚類樹分析 | ||
| 10) 樣本間距離箱型圖 | ||
| 11) 樣本間距離熱圖 | ||
| 12) Anosim組間相似性分析 | ||
| 6. lncRNA靶向mRNA預測 | 1) lncRNA cis作用靶基因預測 | |
| 2) lncRNA trans作用靶基因預測 | ||
| 3) lncRNA antisense分析 | ||
| 7. 表達差異分析 | 1) 表達水平對比分析 | 需要樣本數大於2，且有比較組 |
| 2) 表達差異分析 | ||
| 3) 表達差異可視化分析 | ||
| 4) lncRNA與mRNA互作網絡圖 | ||
| 5) 差異轉錄本韋恩圖 | ||
| 6) 差異轉錄本熱圖 | ||
| 7) 差異轉錄本表達聚類分析 | ||
| 8. 功能富集分析 | 1) 差異轉錄本功能注釋 | 需要樣本數大於2，且有比較組 |
| 2) 差異轉錄本KEGG通路圖 | ||
| 3) 功能富集分析 | ||
| 4) 功能富集關聯分析 | ||
| 5) 顯著性GO有向無環圖 |