真核/原核有參mRNA-Seq分析項目
| 分析項目 | 詳細分析內容 | 說明 |
|---|---|---|
| 1. 數據評估及質控 | 1) 原始數據質量評估 | |
| 2) 數據質控 | ||
| 3) 序列長度和GC含量統計 | ||
| 2. RNAseq測序評估 | 1) 參考序列比對分析 | 參考基因組信息完備才可做第5）6）7）項分析 |
| 2) 冗餘序列分析 | ||
| 3) 插入片段分布 | ||
| 4) 均一性分布檢查 | ||
| 5) 基因覆蓋率統計 | ||
| 6) 基因組結構分布 | ||
| 7) 染色體上測序序列分布圖 | ||
| 3. 基因結構分析 | 1) SSR分析 | 參考基因組信息完備才可做第4）5）項分析 |
| 2) SNP分析 | ||
| 3) 新轉錄本預測 | ||
| 4) 可變剪切分析 | ||
| 5) 融合基因檢測 | ||
| 4. 表達水平分析 | 1) 表達量統計 | |
| 2) 測序飽和度分析 | ||
| 3) 重複相關性檢查 | ||
| 4) 共表達韋恩圖 | ||
| 5) 共表達網絡分析 | ||
| 6) PCA主成分分析 | ||
| 7) PCoA主坐標分析 | ||
| 8) NMDS非度量多維尺度分析 | ||
| 9) 層次聚類樹分析 | ||
| 10) 樣本間距離箱型圖 | ||
| 11) 樣本間距離熱圖 | ||
| 12) Anosim組間相似性分析 | ||
| 5. 表達差異分析 | 1) 表達水平對比分析 | 參考信息完備才可做第4）項分析 樣本數大於2，且有比較組時才可做第7）項分析 |
| 2) 表達差異分析 | ||
| 3) 表達差異可視化分析 | ||
| 4) 蛋白互做網絡分析 | ||
| 5) 差異基因韋恩圖 | ||
| 6) 差異基因熱圖 | ||
| 7) 差異基因表達聚類分析 | ||
| 6. 基因富集分析 | 1) 差異基因功能注釋 | |
| 2) 差異基因KEGG通路圖 | ||
| 3) 差異基因功能富集分析 | ||
| 4) 功能富集關聯分析 | ||
| 5) 顯著性GO有向無環圖 |