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10x 單細胞3’轉錄組測序服務

項目介紹

10x 單細胞3’轉錄組測序是指依托於10x Genomics公司單細胞分選平台(Chromium controller或X係列)在單細胞水平上對mRNA進行高通量測序和分析。因同一組織的細胞之間具有異質性,同一種細胞類型在表達上也存在異質性 , 加之傳統的轉錄組測序的樣本是由多細胞組成的,最後分析得出的結論隻是基於所有細胞的平均水平,無法捕捉到細胞的多樣性。而單細胞水平上的研究有助於探究細胞多樣性和異質性,可同時獲得細胞圖譜及細胞轉錄圖譜信息,對於深入理解細胞的分化、疾病的發生發展、細胞重編程及轉分化等過程及相關的基因調控網絡發揮著重要的作用。
技術支持
電話:
  • 021-57072059
  • 021-57072177
  • 021-57072097
E-MAIL
  • RNAseq@sangon.com
  • RNAseq2@sangon.com
10x Genomics Chromium controller和X係列平台基於Next GEM的微流控和 barcode 標記等技術,可實現真正意義上的單細胞分選和標記。該技術的核心是通過構建GEM體係來實現單個細胞的分離,通過該捕獲平台最終生成的是一個個的油包水(也即是GEM),生成的GEM是含有細胞、酶、凝膠珠子的混合液。GEMs形成後細胞裂解,凝膠珠自動溶解釋放大量barcode序列。隨後mRNA逆轉錄產生帶有10x barcode和UMI信息的cDNA,構建匹配Illumina測序平台的標準文庫。

主要流程

訂購流程

備注:

1、《高通量測序送樣表_10x 單細胞轉錄組測序》和《上門服務信息確認表_10x 單細胞轉錄組測序》可從下載專區獲得

2、填寫好的表格需發送至項目助理郵箱:rna_sample@sangon.com

項目流程

訂購信息

項目名稱
10x 單細胞3’轉錄組測序服務
目錄價
/
周期
40個工作日

客戶提供

提供樣品類型及運輸條件

1、細胞懸液

(1)樣本要求:細胞數目≥10萬個、細胞活率≥80%、濃度為700-1200 個細胞/ul、細胞直徑<40 um、細胞間無黏連(成團率<5%)、細胞狀態好、無Ca2+、 Mg2+和EDTA等逆轉錄抑製劑及非細胞的核酸分子。

(2)運輸條件:

A.4℃運輸,細胞懸液需要在 30 分鍾內送達必威betway官方网站登录 單細胞測序組實驗室。

B.超過 30 分鍾需進行細胞凍存,凍存方法:細胞數目≥10 萬進行凍存(凍存液配製: 90%FBS+10%DMSO)凍存液重懸混勻,放入凍存管中,梯度降溫盒保存。使用足量幹冰運輸。

C.預約上門實驗

2、新鮮組織樣

(1)樣本要求:0.3×0.3 cm(不超過0.5×0.5 cm)新鮮組織塊,4-5塊。

(2)運輸條件:建議使用美天旎組織保存液中,2-8℃避光運輸,取樣後48小時內到達必威betway官方网站登录 實驗室。

3、血液樣

(1)樣本要求:EDTA抗凝的新鮮全血,>5 mL。

(2)運輸條件:4℃運輸,24小時內到達必威betway官方网站登录 實驗室;或收集PBMC後用足量幹冰運輸。

4、細胞係樣

(1)樣本要求:以貼壁細胞為例,一般選擇生長良好的細胞係,以生長至 1/3-1/2瓶底壁為宜。

(2)運輸條件:細胞係直接運輸:去掉舊培養液,灌滿新的培養液,使用不透氣的蓋子, 將培養瓶蓋用封口膜封緊,放些緩衝介質避免培養瓶大幅度晃動,常溫運輸即可。

5、提供信息:紙質版樣品信息表;無致病性證明。

最終交付

交付信息

1.測序原始數據

2.實驗結果類文件

3.分析報告及分析結果文件

分析結果示例

1.細胞聚類UMAP圖
圖1. 細胞聚類UMAP圖
(左圖:圖中每一個點代表一個細胞,相同樣本來源細胞標記為相同的顏色;右圖:圖中每一個點代表一個細胞,相同顏色點來源於同一細胞類型)
2.細胞群Marker基因的山脊圖
圖2. 細胞群Marker基因的山脊圖
(橫軸為基因表達水平,縱軸為對應基因表達水平下各細胞類型中的細胞數量)
3.擬時序分析圖
圖3.擬時軌跡分析圖
(圖中每個點代表一個細胞,橫縱坐標代表降維後的成分,具有相似細胞狀態的細胞被聚到一起,不同顏色代表不同的分化狀態)
4.細胞通訊分析圖
圖4.細胞通訊分析弦圖(左)和網絡圖(右)
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