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質譜法SNP分型檢測

服務簡介

SNP，即單核苷酸多態性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP），主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。與其它分子標記相比，SNP 分辨率較高也較為豐富，覆蓋基因組範圍大，遺傳上比較穩定。在人類基因組中，估計平均每1,000 個堿基對就有1 個SNP，估計其總數可達300 萬個甚至更多，是繼微衛星之後的第三代遺傳標記。SNP 分布不均勻，在非轉錄序列中要多於轉錄序列，絕大多數位於蛋白的非編碼區。通常情況下是一種二等位基因的變異，多為轉換，即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基，或一種嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基，轉換與顛換之比為2：1。SNP 在CG 序列上出現最為頻繁，而且多是C→T，因為CG 中C 即胞嘧啶常被甲基化，自發脫氨後即變為胸腺嘧啶。

生工擁有多SNP 技術服務平台：測序分型、PCR-RFLP 分型、Taqman 探針分型、Multiplex SNaPshot 分型、飛行時間質譜（MALDI-TOF MS）分型、LDR（高溫連接酶法）分型、HRM（高分辨率熔解曲線）分型（見XM0703）、焦磷酸測序分型（見XM0804）等技術平台。生工技術平台涵蓋了從低通量、中等通量到高通量的完整SNP 分型平台，能滿足不同規模項目的需求，為您量身打造個性化的服務。

MassARRAY MALDI-TOF MS System（時間飛行質譜生物芯片係統）是由美國AgenaBioscience公司研製並生產的基因分型檢測係統，是采用飛行時間質譜的原理直接進行SNP分型檢測的設備。目前，我們引進的這套MASSARRAY SNP分型檢測的質譜範圍為 4500到 9000 道爾頓（分子量單位）。位點檢測成功率>95%，檢測重複性>99%。

技術支持

電話：021-57072163

郵箱:service@sangon.com

服務特點

通量高
準確性高
簡單靈活
靈敏度高
成本低

工作原理

該係統主要利用了基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜 (MALDI-TOF MS) 技術。其主要特點是：經過PCR擴增後的產物，加入SNP序列特異延伸引物，在 SNP 位點上，延伸 1 個堿基。然後將製備的樣品分析物與芯片基質共結晶，將該晶體放入質譜儀的真空管 , 而後用瞬時納秒 (10-9s) 強激光激發，由於基質分子經輻射所吸收的能量，導致能量蓄積並迅速產熱，從而使基質晶體升華，核酸分子就會解吸附並轉變為亞穩態離子，產生的離子多為單電荷離子，這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能，進而在一非電場漂移區內按照其質荷比率得以分離，在真空小管中飛行到達檢測器。理論上講，隻要飛行管的長度足夠，檢測儀器可檢測得分子質量數是沒有上限的。

圖1工作原理示意圖

操作流程

樣品準備

1)基因組DNA

樣品濃度不低於20 ng/μl，總體積不少於20 μl。

2)血液樣品

用EDTA抗凝劑的真空管采集或枸椽酸鈉抗凝，采集後放入-20°C冰箱保存（最好-80°C保存），體積大於1 ml。

2)組織樣品

最好是新鮮（-80°C保存）或石蠟包埋的組織，也可以是95%乙醇中固定的組織，組織量大於10 mg；樣品-70°C郵寄至本公司（幹冰或液氮運送）以保證樣品質量。

實驗流程

圖2 質譜法SNP檢測流程示意圖

結果分析

1)DNA提取及電泳檢測

圖3 DNA電泳檢測圖

2)質譜檢測圖

圖4 質譜檢測圖

2)基因分型結果

訂購信息

服務內容	周期
樣本DNA提取及模板製備	1~5個工作日（根據樣品的數量）
引物設計合成	2~3個工作日
預實驗	3~5個工作日
正式實驗檢測	5-10個工作日（根據樣品數量）

客戶提供

1)組織樣本或血液、基因組DNA等；

2)基因登錄號；

3)SNP信息。

項目服務登記表：《SNP檢測服務訂單》

結果交付

1)原始圖片

2)原始數據

3)實驗報告

常見問題

Q:飛行時間質譜（MALDI-TOF）的實驗結果的準確性和重複性如何？

A:在滿足一定實驗條件的情況下，SNP分型檢測結果的準確率和重複率均可達到99%以上。

Q:利用時間飛行質譜（MALDI-TOF）進行SNP分型檢測，與其它檢測方法相比有哪些優勢？

A:每種檢測方法都有各自不同的優缺點，MALDI-TOF作為一種成熟的檢測技術，當然也不例外，有關技術方麵的具體內容，可隨時聯係生工技術人員。

Q:SNP檢測完成後客戶如果需要後續的分析，貴公司能提供哪些分析數據？

A:如果客戶需要，我們可為客戶進行Hardy-Weinberg平衡檢驗，等位基因型、基因型和單體型分析等。

參考文獻

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